作为蓝色色素单独使用较少，一般常与红花黄色素调成绿色色素制剂，供冰激凌、糕点、速溶粉末制品及辣根粉等之用；不经抽提的蓝藻类亦可直接用作色素及作为蛋白源；宜配合柠檬酸和磷酸盐使用。
食品工业（冰激凌、糕点、速溶粉末制品、辣根粉等）
路线1：螺旋藻培养法
- 步骤：用蓝藻类螺旋藻属宽胞节旋藻孢子，在pH值8.5～11下以碳酸盐或二氧化碳为碳源的培养基中，30～35℃通气培养得藻体，干燥后用水抽提色素和可溶性蛋白质，抽提液真空浓缩后喷雾干燥。
路线2：念珠藻自溶法
- 步骤：念珠藻经流动水漂洗12～24h后，按原料：水=1：(5～6)加水，打浆机打浆使95%过40目筛，高压均质破坏细胞壁，柱式塔常温静置40～48h自溶，离心分离后真空浓缩，残渣喷雾干燥成念珠藻粉（可提取果胶），离心所得色素浓浆真空干燥成色索粉，可用β-CD包埋提高耐热性。
